东海水产研究所拟穴青蟹转录组资源挖掘与利用研究取得新进展短梗木荷

东海水产研究所拟穴青蟹转录组资源挖掘与利用研究取得新进展
近日，中国水产科学研究院东海水产研究所在拟穴青蟹转录组高通量454测序血莲、组装与注释、信号通路分析、分子标记挖掘及与生长性状相关的微卫星标记筛选研究中取得一系列新进展，研究成果相继发表在PLoSONE、MolecularBiologyReports、Gene等国际莳萝蒿期刊上。


拟穴青蟹属大型海水蟹类，是我国重要的海水养殖和捕捞对象。项目组在国家自然科学基金项目、上海海南椴市科委基础研究重点项目、中央级科研院所基本科研业务费项目等资助下，利用454二代测序技术对拟穴青蟹转录组进行了深度测序，现已获得540Mbp的数据量、桔梗科131万条高质量reads、76000多条contigs及78000多个unigenes；同时，还鉴定出1.9万多个微卫星序列和3.6万多个SNP位点。


项目组针对转录组来源的信息进行深入挖掘和应用，共开发出164个多态性微卫星标记，验证了91个SNP位点，获得了线粒体全基因组序列，其中3个微卫星标记(Scpa36、Scpa75、Spm30)与12个表型生长性状之间具有显著的相关性(P<0.05)，初步确定了Scpa36位点的BC基因型、Scpa75位点的BC和BD基因型及Spm30位点的AC基因型在拟穴青蟹选择育种中具有最大的辅助育种潜力。


该研究将促进拟穴青蟹及其相近物种的功能基因组学、种群保护遗传学和分子辅助育种学研究的发展。
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